1- پس از آنکه ابوالحسن بنی صدر با 11 میلیون رای اولین رئیس جمهور پس از انقلاب شد، امام خمینی (ره) با تنفیذ اختیارات رهبری انقلاب به رئیس جمهور، حکم فرماندهی کل قوا را برای ابوالحسن بنی صدر صادر کردند. در بحبوهه درگیریهای منطقه‌ای در کردستان، گنبد، سیستان و خوزستان در سالهای 58-59، هماهنگی دولت، سپاه و ارتش می‌توانست، آرامش را به مناطق بازگرداند. بنی صدر نیز در ماه‌های اول معمولا به نظرات نیروهای انقلابی درباره ارتش و سپاه توجه می‌کرد و افرادی مانند شهید صیاد شیرازی، شهید فلاحی و شهید فکوری به پیشنهاد سران انقلاب در شورای انقلاب و حکم بنی صدر مصادر اصلی ارتش را در اختیار گرفتند.
در ادامه با مقاومت نیروهای خط امام که مجلس را در اختیار داشتند در برابر بنی صدر و انتخاب شهید رجایی به نخست وزیری در شهریور 1359 لجاجت بنی صدر برانگیخته شد و شهید صیاد شیرازی اولین قربانی این لجاجت بود که یک هفته پیش از آغاز جنگ از کار برکنار شد. اصرار نیروهای انقلاب برای بکارگیری شهید صیادشیرازی در مصادر کلیدی ارتش با مخالفت بنی صدر روبرو شد و در حالی که قریب به اتفاق اعضای شورای عالی دفاع اصرار به استفاده از شهید صیاد شیرازی داشتند، بنی صدر با این مساله مخالفت می‌کرد. حتی به واسطه شهید بهشتی و هاشمی رفسنجانی، شهید صیادشیرازی به دیدار امام خمینی (ره) رفت اما باز هم دستور امام، تمرکز مدیریت جنگ بود و فرماندهی کل قوا با رئیس جمهور بنی صدر بود.
2- پس از برکناری بنی صدر و حاکمیت خط امام، کابینه اول میرحسین موسوی شاهد درگیریهای نیروهای چپ و راست بود. حبیب الله عسگراولادی و احمد توکلی به عنوان پیشانی جناح راست، در مقابل نخست وزیر قرار داشتند. در این میان نیروهای چپ به شدت علیه نیروهای راست توطئه چینی می‌کردند، این مسائل سبب می‌شد تا حضور دو جناح در دولت مانع روانی فعالیت شود و این اشکالات در زمان جنگ سبب شد تا امام خمینی (ره) دستور بدهند هر کسی که نمی‌تواند با نخست وزیر کار کند و استعفایش خللی در امور کشور نباشد، استعفا دهد. لذا احمد توکلی و حبیب الله عسگراولادی، وزیر کار و وزیر بازرگانی استعفا دادند و امام خمینی(ره) نیز تجلیل وی‍ژه‌ای از وزیر بازرگانی در اولین دیدار هیات دولت با ایشان کردند.
3- در سال 1364 چهارمین دوره انتخابات ریاست جمهوری برگزار شد و آیت الله خامنه‌ای علی رغم عدم تمایل برای کاندیداتوری، به حکم امام خمینی (ره)، کاندیدای انتخابات شدند و با رای بالای 85 درصد به ریاست جمهوری برگزیده شدند. رئیس جمهور وقت پس از انتخاب دوباره تاکید داشت که نمی‌خواهد با میرحسین موسوی به عنوان نخست وزیر ادامه فعالیت دهد و اما محسن رضایی، فرمانده وقت سپاه در دیداری با امام خمینی(ره)، اظهارداشت که اگر میرحسین موسوی نخست وزیر نباشد در کار جنگ خلل پیش می‌آید. در این وضعیت امام خمینی (ره) حکم حکومتی به رئیس جمهور برای انتخاب موسوی به عنوان نخست وزیر دادند و آیت الله خامنه‌ای نیز پذیرفتند. در واقع امام خمینی(ره)، تمرکز مدیریت وثبات آن را برای عدم اخلال در جنگ واجب می‌دانستند و از این رو حکم به ادامه مدیریت دولت موسوی دادند.
4- بررسی استقراگونه مدیریت امام خمینی (ره) در زمان جنگ نشان از چند وی‍ژگی اساسی دارد؛ مدیریت متمرکز و جامع دولت، اعتماد به مدیران اجرایی و قبول ضریب خطای آن‌ها شاید مهم‌ترین این وی‍ژگی‌ها باشند. امام اختلاف در میان گروه‌های سیاسی وفادار به نظام را بی‌ضرر برای کشور می‌دانستند اما ورود این دعوا‌ها به سطح مدیریت کشور را مضر می‌دانستند. در این دوره جلسات مداوم سران سه قوه و حضور سید احمد خمینی در آن‌ها سبب، موضع واحد سران کشور شده بود و حتی یک مورد اختلافات سران سه قوه به مطبوعات کشیده نشد و تنها مورد این مساله استعفای ناگهانی میرحسین موسوی بود که با عتاب شدید امام خمینی (ره) روبرو شد.
